AMDAでは、2015年3月17日に台湾外交部（外務省）において、外務省NGO局長立ち会いの元、医療NGOである台湾ルーツ(Taiwan Root Medical Peace Corps)と災害支援協定を締結した。

これは近い将来西日本を襲うことが予測されている南海トラフ地震発生時の協力だけでなく、台湾で災害発生時には日本から医療チームを送り、台湾ルーツと協働で緊急救援を行い、また平時の団体間交流についても盛り込まれるなど、相互扶助の精神に基づいた協定である。

AMDAグループの菅波代表からはまず、4年前の東日本大震災のときに多額の義捐金を送り日本を支援してくれた台湾に感謝をすると共に、南海トラフ地震発災時には再度の支援をお願いした。

台湾ルーツの劉理事長は、AMDAとは2013年11月にフィリピンに甚大な被害をもたらした台風ハイアンの救援活動で一緒に活動したのが最初となるが、今回無事災害支援協定を締結したことにより、今後より多くの活動を通じて、お互いに協力し合うことを希望すると話した。