1996年2月
中国雲南省地震緊急救援プロジェクト
2月3日発生した地震では死者200人、負傷者1万3千人と言われた。
被災者への医療救援活動と共に、救援機をチャーターし、医薬品や生活救援物資16トンを輸送、配布した。

1998年8月
パプアニューギニア津波緊急救援プロジェクト
津波による被災者への医療支援をパプアニューギニア政府の衛生兵と共同で実施。被災地周辺の無医村での診療活動やカヌーを使っての巡回診療、さらには重症者のヘリコプターによる搬送を行った。

1999年4月
コソボ難民支援緊急救援プロジェクト
民族紛争によりコソボ自治州に住むアルバニア系住民が隣国アルバニアへ流出。アルバニアにおいて巡回診療を実施。さらに帰還を開始した難民と共にコソボ自治州に入り、医療支援活動を継続。この際、対立するセルビア系住民に対しても同様に支援を行い、AMDAの医療和平プロジェクトとしての活動に移行。

2001年1月
インド西部地震緊急救援プロジェクト
日本、ネパール、インドからなるAMDA多国籍医師団による医療支援を実施。仮設診療所において被災者を診察。救援機をチャーターして医薬品や救援物資、さらにはパワーショベルを岡山空港より輸送。

2001年10月〜
パキスタンにおけるアフガン難民支援緊急救援プロジェクト
ニューヨーク同時多発テロに端を発したアメリカのアフガニスタン攻撃以来、パキスタンに流出したアフガン難民に対する医療支援活動を開始、継続中。現在もキャンプ内の基礎診療所を中心に医療活動や保健衛生や母子保健教育、重症患者の搬送とフォローアップシステムの運営を行っている。