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疫学
赤痢菌は容易に培養される腸内細菌である。便培養では Drigalski培地、ヒマワリ油添加の乳糖寒天培地、SS(Salmonelles-shegelles) 培地が選択培地に利用される。（Kliger-Hahna培地、マンニトール運動性、インドール尿素などで多様性に富む）それぞれの生化学的特性、特異血清またはライソタイプによる血漿凝集によって同定がなされる。
赤痢菌は４つの菌種Ａ群は志賀菌またはSh.dysenteriaeと呼ばれ、腸管作用性の菌体内毒素と神経作用性の菌体外毒素を産生して最も重篤な細菌性赤痢を惹起する。Ｂ群はSh.flexneri,Ｃ群はSh.boydii,Ｄ群はSh.sonneiである。後の３群は神経作用性毒素を産生しないため、志賀菌よりも重篤度の低い赤痢を引き起こす。
ヒトは赤痢菌の唯一の保菌者である。発病中と回復期に１ヵ月間、または赤痢の既往後数年にわたり、糞便中に排菌することがある。大抵の場合、患者から周囲の者へ直接的に伝染する。時折、患者の排泄物で汚染された水や食物を通して、間接的に伝染する。ハエは付随的に赤痢菌を伝播することがある。
高温多湿の気候が赤痢菌の増殖に好ましい。劣悪な衛生、人糞の農業利用、安全水の欠如、人口密集が疾病の伝播を助長する。栄養不良、倦怠、気象変化、食料の減少が体力を落とし、赤痢菌を活発化させる。
熱帯地方では赤痢は年中浸淫状態にあり、季節的に流行が突発する。温帯地方では赤痢菌の発育は夏季に増大し、地域的な衛生が劣悪であったり、社会政治が混乱している状況でも増加する。
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