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感染源
人間と外環境（水）の２つが考えられる。
人間：人間はコレラ菌の主要な保有源で、患者の吐物や糞便からは相当量が排泄される（コレラ性下痢１ml中に菌が１億）。患者の死体はさらに危険な感染源である。軽微な症状の者は潜伏期間中や回復期にあり、最終的に無症候性の保菌者（健康保菌者）となる。コレラ菌は水気のある排泄物や汗の中で、数日間生存出来る。
極東と象牙海岸で行なわれた調査では、沿岸部の浸淫地域で、住民の１人が患者となる集団には20-25人の保菌者がおり、保菌者１人には５人が接触している。この割合は乾燥した流行地帯では異なり、保菌者に対する相対的な患者数は非常に高くなる。保菌者でのコレラ菌の平均生存期間は6-10日で、（慢性保菌者では）さらに長いことが多い。感染は保菌者、患者、死体と直接手で接触することで生じる。
水と食品：これらは付随的な感染源である。外界でのコレラ菌の寿命は比較的長く、特に汚れた水中、食品中、患者と保菌者の排泄物中では数日、プランクトンや藻類のいる井戸水や壷の水では年余にわたる。コレラは長い間、水を介する疾患と考えられてきた。1971年にアフリカ・サハラ地方の乾燥した諸国でで起こった流行から、常にそうとは限らないことが解った。人間が水辺に大規模に集中して住むところ（東南アジアのデルタ地帯、アフリカの潟）は、衛生環境が不完全で、病原体への暴露が多い。しかし水中の菌の密度は、コレラの流行地より浸淫地の方が少ない。食品からの感染も、保菌者が触って直接汚染した料理を食べても、食品の感染毒素と同様、感染力には限界がある。ハエや昆虫類は、ビブリオ菌を僅かな距離だけ受動的に運ぶ程度である。逆に、海産物や魚類は非常によい保菌物となる。
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