非定型抗酸菌の細菌学的な分離と種の同定が確定診断。血液培養がよく行なわれるが、熱帯の現場では至適温度の設定など困難が伴うため実施は困難。 エイズに合併したMAC感染症では、皮膚病変、血液、便、胃液や小腸粘膜(内視鏡やエンテロ試験で採取)、喀痰を用いた塗沫標本から、Ziehl-Neelsen染色で直接検鏡して証明できることが多い。 熱帯地方でも北米と同様に、エイズに合併した非定型抗酸菌症は殆どがMACによると考えて良いだろう。
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