確定診断は、Bartonella bacilliformisの顕微鏡的な証明。 オロヤ熱患者の血液塗沫標本をギムザ染色すると、赤血球表面に菌体を認める。ペルー疣病患者では、病変部を穿刺して、穿刺液を検鏡すると、組織球内に病原菌が見つかる。血液からの分離は、慢性期では難しい。 血液培養やNNN培地などを用いた培養も可能。 血清学的な診断は、臨床には用いられない。
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