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症候
男性例
急性尿管炎（または膿漏）が最も一般な症候である。感染は常に性行為により、その後５-６日で突然発症し、排尿時に灼熱感《熱い小便》と排尿障害を引き起こし、尿道開口部から膿が雫状に認められる。
局部の合併症は頻繁で、前立腺炎、膀胱炎、副睾丸炎（両側性では不妊の原因となる）が生じる。尿管狭窄がある場合は、尿管炎が反復して、治療は難しくなる。
自家感染による結膜炎の可能性や、大関節の関節炎や、敗血症、皮膚症状も特徴的である。
女性例
潜在性の淋疾が多い。尿道炎を起こしたパートナーから検索しなければならない。複数の感染巣を有すことが多く、尿道炎（排尿困難、多尿、尿道部の圧迫で膿を排泄）、バルトリン腺炎（片側性陰唇炎）、子宮頚部炎（化膿性帯下）、付属器炎、直腸炎、扁桃炎を呈する。
子宮内膜炎、卵管炎といった強い感染を除いて、潜在性の臨床例では見逃されることが多い。不妊の原因となる卵管閉塞といった後遺症を呈する病期になる前に診断する必要がある。
妊婦の淋疾では、羊膜が成熟する以前に感染して破裂し、妊娠12週前に流産したり、18週後では早産を引き起こすことがある。
小児例
出産時に産道感染する新生児の結膜炎は、治療を誤れば眼球が溶解する恐れがある。女児の外陰膣炎は（例えば汚れた下着から）間接的に感染することがあるが、性的虐待も調べねばならない。
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