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診断
寄生虫学的な直接診断は繊細な作業となる。気管支鏡や気管支肺胞洗浄液から得られたブラシ或いは吸引物から、P.cariniiの栄養型や嚢子を見つけるのである。 toluidine青、 May-Grunwald-Giemsa、 Gram-Weightで検体を染色する。このような手法がうまく行かない場合は、呼吸不全状態で危険を伴うが、外科的肺生検が行なわれる。AIDS患者では誘導喀痰排出で採取した検体を免疫蛍光法で処理すると、Pneumocystisに対する感受性は90％に昇る。組織学的には本症は３つの特長がある。《蜂の巣》状の肺胞浸出物内に病原体が見つかること、内皮の過形成、それに間質への形質細胞浸潤である。免疫学的試験（補体結合、ラテックス、免疫蛍光法など）は信頼性が低い。抗原の調製は微妙であり、消耗した患者の免疫反応は良くない。
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