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診断
菌腫の臨床診断はふつう行なわない。生検により、真菌か放線菌かを明確にする。これはその後の治療に重要だからである。病原菌の正確な同定は滅多に行なわれない。
実際には、菌塊が最も多い菌腫の深部から膿を採取する。菌塊を滅菌した生食水で洗浄し、特長(大きさ、色)を記録してから、スライドグラスに取って観察する。真菌性の菌塊では、菌糸が大きく(2-5μm )もつれており、頂嚢(菌糸頂端の膨大部)をもつ。放線菌の菌塊では、フィラメントが細く(1μm 未満)、時おり辺縁が房飾りか棍棒状となる。
病原菌の精密な種の同定は、専門の実験室で行なわれる。病理組織学的検査と培養(真菌性菌腫では Sabouraud培地、放線菌性菌腫には通常の培地かLowenstein培地)で判定する。免疫学的手法は殆ど実用的でない(ゲル内免疫拡散法で沈降線を確認する)。

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